Fu anche opinione di molti, che nella medesima Chiesa, accanto alla porta, che metteva in Convento, fosse di mano di Tommaso la figura a fresco di un Santo in abito di Vescovo. Ma il Vasari tenne opinione, che ella fosse di mano di Fra Filippo suo discepolo. Molte altre opere fece Tommaso, finché stimolato da desiderio di vedere le pitture degli altri artefici de’ suoi tempi, e parte per provvedere colla mutazione dell’aria a qualche imminente pericolo di sua sanità, se ne andò a Roma, dove subito che fu gustata la sua bella e nuova maniera di operare, fu adoperato in diversi lavori di tavole per molte Chiese, le quali poi nelle turbolenze sopravvenute a quella città, per lo più si smarrirono. Ad istanza del Cardinale di San Clemente nella Chiesa di esso Santo, che anticamente fu abitazione de’ Frati di Santo Ambrogio ad Nemus, Ordine, che ebbe suo principio in una boscaglia poco lontana da Milano, e dipoi estinto ne fu data la Chiesa da Urbano VIII. a’ Frati Domenicani; dipinse Masaccio, secondo quello che ne lasciò scritto il Vasari, seguito dall’Abate Filippo Titi, in una Cappella, la Morte in Croce di Cristo Signor nostro fra due Ladroni, ed alcune storie di Santa Caterina Vergine e Martire. Ma Giulio Mancini in un suo Trattato di Pittura, che va attorno manoscritto, attribuisce tale opera a Giotto: e dice cavarlo, non meno dalla maniera, che dal tempo, il quale si riconosce in alcuni versi, che asserisce aver letto egli medesimo, scritti a lettere d’oro, a mano sinistra della tribuna, del tenore che segue: Ex annis Domini elapsis mille ducentis Nonaginta novem Jacobus Collega minorum Hujus Basilicæ titulo pars cardinis alti Huic jussit fieri, quo placuit Roma Nepote Papa Bonifatius VIII ……… proles.